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案例1:人类mRNA上2’-O-RNA甲基化转录组图谱 原文:Nm-seq maps 2’-O-methylation sites in human mrna with base precision 期刊:Nature Methods 影响因子:26.9 美国芝加哥大学研究团队利用2’-O-RNA甲基化测序手段,检测mRNA分子上的甲基化位点。与m6A RNA甲基化测序数据相比,2’-O-RNA甲基化位点主要分布在转录组CDS区,其中近一半在剪接位点附近,相当一部分在内含子中发现Nm位点。三分之一的2’-O-RNA甲基化位点在AGAUC处存序列偏好性,并且跟随了5个碱基的A或G碱基高分布。有趣的是,2’-O-RNA甲基化位点富含三种氨基酸的编码密码子。总的来说,该文章揭示了2’-O-RNA甲基化在人类细胞中的分布特征。m6A修饰在各种真核生物、各类组织细胞中普遍存在。吉林850KDNA甲基化

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云序优势 一站式服务: 客户只需提供细胞、组织或RNA,云序生物为您完成从MeRIP富集,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 样本要求: 样品类型: 细胞、组织或RNA,其他样本类型请电询。 样品量: a) 细胞:2×107 b) 组织:100 mg-1 g c) RNA:30-300 μg(OD260/280:1.6-2.3;RNA无明显降解28S:18S>1.5或RIN>7) 样品运输及保存: 样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。 样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。陕西m7G+m3C RNA甲基化对m6A RNA甲基化,目前较流行的检测手段为m6A-Seq技术。

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案例1:拟南芥花叶根组织m6A RNA甲基化谱 原文:Transcriptome-wide high-throughput deep m6 A-seq reveals unique differential m6 A methylation patterns between three organs in Arabidopsis thaliana 期刊:Genome Biology 影响因子:13.21 西北农林科技大学联合中科院和普渡大学,借助m6A RNA甲基化测序技术,对比拟南芥花,叶,根组织中(每种组织有两个生物学重复)m6A RNA甲基化情况。结果发现检测组织中m6A RNA甲基化修饰程度比人类高10%左右,占转录组的83%。

案例1: m6Am 测序揭示了人类转录组中 m6Am 甲基化的动态性 原文:m6Am-seq reveals the dynamic m6Am methylation in the human transcriptome 期刊:Nature Communication 影响因子:13.78 北京大学的研究人员开辟了一种新型的 m6Am 修饰 RNA 的测序方法,使用抗体拉取 5’ 帽子片段富集 m6Am 修饰的 RNA 区域,再在特定生化环境条件下使用 FTO 酶来区分 m6Am 与 m6A 修饰,进而可达到精细至单碱基水平的 m6Am RNA 测序。使用该方法对人类转录组测序的结果显示,m6Am 修饰的分布主要局限于 mRNA 5’ 帽子下游的翻译起始位点,并且多数具有 BCA 的序列 motif 特征(B=C/U/G)。对细胞施予热激、低氧等应激性刺激时,细胞转录组的 m6Am 水平有明显上升,说明 RNA 的 m6Am 动态修饰可能参与了细胞应激性反应。针对低氧环境刺激的进一步 GO 分析显示,m6Am 水平升高的基因与内质网应激调节的生物学过程有关。2’-O-RNA甲基化是一种受RNA甲基化酶或纤维蛋白酶作用下。

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RNA m6A甲基化是RNA较关键的内部修饰之一,是真核生物丰富和调节遗传信息的一种保守的转录后机制。m6A修饰具有多种生物学功能,如调控mRNA翻译、转录以及稳定性等。目前,已在多种植物中发现这种RNA修饰,参与调控不同植物的各方面生物学功能。其中,拟南芥作为植物界中研究RNA甲基化修饰的先行者,许多学者将它作为研究对象,并与m6A甲基化测序技术结合,证实到RNA甲基化普遍存在于拟南芥各个发育期,并揭示了RNA甲基化相关酶在特殊发育时期,如开花,叶片形成,种子发育,根部生长等过程中发挥重要作用。RNA去甲基化可以提高水稻和马铃薯植株的产量和生物量。青海甲基化水平

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案例3:m6A RNA去甲基化酶ALKBH5通过结合lncRNA促进胶质瘤细胞 期刊:Cancer Cell 影响因子:27.43 近年来,m6A RNA修饰的研究已成为当今生命科学领域前沿研究之一,不断有高影响分子文章问世。m6A RNA修饰的催化、去除以及识别的分子机理研究越来越清晰,此时人们更关心m6A RNA修饰与重大疾病之间的相关性。近期Cancer Cell报道了m6A RNA去甲基化酶ALKBH5在神经胶质瘤中具有生理作用。在本研究中,去甲基化酶ALKBH5在恶性胶质瘤干性样细胞表达上调,而ALKBH5高表达的胶质细胞瘤患者预后生存率更差。通过敲低ALKBH5,meRIP鉴定m6A RNA甲基化修饰模式,基因芯片检测差异表达>2倍的基因,终筛选到与细胞周期调控相关的FOXM1基因,其在GSCs的自我修复和tumsour形成中起到关键作用。吉林850KDNA甲基化

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