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血清血浆环状DNA测序游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA,ecDNA)被发现常常以环状的形式存在,这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA,eccDNA)。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。 传统观点认为真核基因组通常形成稳定的线性染色体。但新的研究表明:无论是在正常体细胞还是cancer细胞中,都存在大量染色体外环状DNA。目前,环状DNA不只可以作为一种新型特异的tumour标志物,还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。采用多种方法高效地富集环状DNA,环状DNA检出率高。重庆分析测序

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案例1:全外显子测序在ai症研究中的应用 胰腺导管腺ai(PDA)的预后非常差,因此对其病原学的研究以及靶向干预医治非常必要。本文对109个显微切割的PDA组织样品进行了全外显子测序。研究表明:环境压力以及DNA修复基因的改变与不同的突变谱有关联。许多ai基因/抑ai基因位点发生了拷贝数变化,但只有MYC基因拷贝数扩增与比较差的预后以及腺鳞ai亚型相关。此外,作者还在PDA中发现了多个新的突变基因,其中一些与预后相关。RBM10突变往往预示着较长的生存期。90%以上的样品中发生了KRAS的突变,但只有密码子Q61的等位突变与较长的生存期相关。此外,Wnt信号通路,染色质重塑信号通路,Hedgehog信号通路,DNA修复和细胞周期相关的基因也被发现有较高的突变频率。这些数据表明了不同PDA样品的基因组多样性,并且找到了一些与预后相关的基因以及医治靶点。江苏测序价格云序生物拥有BD Rhapsody™单细胞免疫组测序平台。

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m7G lncRNA测序 m7G RNA甲基化是在甲基化转移酶的作用下,使RNA鸟嘌呤(G)的第七位N上加上甲基的一种修饰(N7-methylguanosine,m7G)。研究表明,m7G RNA甲基化修饰存在于各类分子中,包括:mRNA 5’帽子结构、mRNA内部、pri-miRNA、转运RNA(tRNA)和核糖体RNA(rRNA)。m7G RNA甲基化修饰能够调节mRNA的转录、miRNA的生物合成和生物学功能、tRNA稳定性、18S rRNA的核内加工及成熟。m7G RNA甲基化修饰作为一类新型RNA甲基化,近两年高影响因子文章不断,是继m6A修饰之后的又一表观转录组学热点。

案例3:拟南芥m5C RNA甲基化谱及TRM4B酶对根的影响 原文:Transcriptome-Wide Mapping of RNA 5-Methylcytosine in Arabidopsis mRNAs and Noncoding RNAs 期刊:The Plant Cell 影响因子:8.23 与上篇不同,本研究团队采用m5C RNA甲基化测序研究拟南芥中m5C甲基化谱,在种子,幼芽,根中发现了1000多个特异性的位点。敲低RNA m5C甲基转移酶TRM4B,造成tRNA稳定性的降低。研究人员还证实TRM4B突变体的初级根比野生型更短,同时对氧化的应激反应更敏感。云序生物采用商业化RIP试剂盒,保证了RIP实验的成功率和稳定性。

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云序生物率先推出ctDNA甲基化测序服务,低需1ng ctDNA既可进行测序。客户只需提供血浆,血清或体液样本,云序生物为您完成从ctDNA提取,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 云序生物率先推出两种ctDNA甲基化测序服务。(1)免疫共沉淀测序(MeDIP-Seq):通过5mC抗体特异性抓取基因组上发生甲基化的ctDNA的片段,并结合高通量测序技术,高性价比检测ctDNA甲基区域;(2)单碱基测序(Bis-Seq):采用经典重亚硫 酸盐处理的方式,未发生甲基化的C碱基会转换成U,发生甲基化的C碱基还是C,并结合高通量测序技术,可对ctDNA甲基化进行单碱基精确定位。每个样品组做一个Input,以去除基因组背景,降低假阳性率 。中国澳门甲基化测序RNA甲基化

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云序优势 适用于血清血浆等微量样品: 此法减少DNA损失,并保留原始表达量,不同环状DNA间表达量比较更准确 专业的生物信息学分析: 专业的生物信息学团队,开发了高效识别分析环状DNA的算法,满足客户的各类深入数据分析需求。 一站式服务: 客户只需提供血清血浆,云序生物为您完成从样品准备、环状DNA富集、文库制备、上机测序到数据分析整套服务流程。 样本要求 样品类型: 血清血浆。 样品量: 血清血浆:5mL 样品运输及保存: EDTA抗凝,样品干冰运输。勿用肝素管取样(绿色盖子抗凝管)。重庆分析测序

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