1. 神经母细胞瘤eccDNA整体统计 研究人员联合eccDNA-seq和RNA-seq(云序生物提供此服务)技术,与开创性的生物信息学算法相结合,first次在神经母细胞瘤(一种主要发生在儿童的致命tumour)中进行详细的环状DNA序列分析。本研究中分析了93名儿童的神经母细胞瘤组织样本,结果显示,每个组织样本平均检测到5600多个eccDNA。 在基因组特征分布 实验结果显示eccDNA在基因区域大量富集,特别是在MYCN扩增的神经母细胞瘤中。更进一步分析发现,eccDNA中的多个与神经母细胞瘤相关的基因如MYCN、JUN、MDM2、SOX11、TAL2发生扩增。这也与以前的发现一致ai基因可以与邻近增强子环化共扩增。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。研究环状DNA内容
染色体外环状DNA(EccDNA)是一种起源于染色体但可能独li于染色体的环状DNA。由于技术的进步,eccDNAbest近已经成为具有多种特性的多功能分子。EccDNA独特的拓扑结构和遗传特性为ai症的监测、早期诊断、医治和预测提供了新的思路。EccDNA通常在正常细胞和ai细胞中观察到,并且通过对外源性和内源性刺激的应激反应,衰老和ai发生以及ai症医治期间的耐药性的不同机制起作用。 EccDNA的结构多样性决定了eccDNA的功能和数量的多样性,从而通过驱动染色体外位点的遗传可塑性和异质性,赋予eccDNA在进化和ai症发生和发展中的强大作用,而这在近几十年的进化过程中被忽视了。EccDNA在ai症中显示出巨大的潜力,本文综述了eccDNA的特点、生物发生、评价功能、作用机制、相关方法和临床应用,重点介绍了eccDNA在进化和ai症中的作用。河北研究环状DNA联合全转录组测序,可以将环状DNA与mRNA进行联合分析寻找相关性。
云序eccDNA测序优势 一站式服务 客户只需提供细胞、组织或基因组DNA,云序生物为您完成从eccDNA富集,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 eccDNA检出率高 采用多种方法高效地富集eccDNA,eccDNA检出率高。 专业的生物信息学分析 专业的生物信息学团队,开发了高效识别分析eccDNA的算法,满足客户的各类深入数据分析需求。 样本要求 样品类型: 细胞、组织、基因组DNA。其它类型样品请详询。 样品量: a)细胞 2×107 b)组织 100mg c)DNA:每个样品总量不少于10ug,溶于无菌水或 TE(PH = 8)(OD 260/280值应在1.7~2.0 之间;RNA 应该去除干净;不得有其它个体或其它物种的DNA污染)。 样品运输及保存: 样品运输:样品置于1.5mL Eppendorf管中,封口膜封好,干冰运输,DNA可用冰袋运输。 样品保存:细胞样品或新鲜组织块切块,液氮冻存后-80℃保存;DNA样品短期内可-20℃,避免反复冻融。
病毒是地球上best神秘的生物之一。它们是世界上best小的生命形式之一。鉴于没有宿主它们就不能存活和复制,因此一些科学技质疑它们应当被视为生物。如今,包括巴西米纳斯吉拉斯联邦大学病毒学家Jônatas Abrahão在内的一个研究团队发现一种病毒具有无法识别的基因,这使得它成为所有已知病毒中best奇怪的一种。但是,我们真正知道多少种病毒?另一个研究团队刚刚发现了数千种新病毒,它们潜藏在数十种动物的组织中。 Abrahão说,这些发现说明了我们对病毒“还有很多仍然需要去了解”。采用多种方法高效地富集环状DNA,环状DNA检出率高。
首先,我们来看什么是环状DNA。环状DNA是一种生物界普遍存在的DNA形式,如常见的线粒体DNA、叶绿体DNA、细菌基因组、细菌质粒、部分病毒基因组等。那么本文要讨论的染色体外环状DNA同上述提到的几种形式有什么不同呢?我们都知道线粒体DNA和质粒的都是以线性的DNA的形式存在的,其染色质成分并没有组蛋白,因而也不存在核小体的结构,并且不会发生染色体序列的折叠和三级结构。而eccDNA,既然叫做染色体外环状DNA,那么它首先应该是存在于真核生物当中的(原核生物、细胞器、病毒等不存在染色体的结构),其次必须是以环状的形式存在的,再者是游离于染色体外的,并且具有完整的核小体结构,也就是说,其染色质的组成是与正常的染色体相同的,因而也具有染色质折叠、压缩和特有的空间结构。环状RNA通过与宿主基因相互作用抑制DNA损伤修复。甘肃环状DNA研究
目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA。研究环状DNA内容
近年来,由于实验技术和生信分析技术的进步,eccDNA 相关研究发表 SCI 论文的数量呈井喷之势增长。PubMed 搜索数据显示,2017 年 eccDNA 相关论文全世界only 4 篇,后续几年逐步增长为 6、7、10 篇,而到了现在的 2021 年,only before 十个月,就已经有 15 篇 eccDNA 相关论文见刊,其中还不乏 Nature、Methods in Molecular Biology、Nucleic Acids Research、Molecular Cancer 等高分期刊。见微知著,eccDNA 虽小,但很可能成为下一个生命科学的科研热点。云序生物是国内best早提供 eccDNA 测序服务的公司,云序在2018年已就启动了组织细胞 eccDNA 测序服务的开发。研究环状DNA内容