宁夏云序环状DNA研究

目前已经报道的基于高通量测序方法研究eccDNA的报道都是基于Paul S. Mischel团队开发的AmpliconArchitect软件，基于二代全基因组测序数据（5-10X覆盖深度），该软件可自动比对基因组，寻找断点信息，并结合SV和CNV的分析结果生成eccDNA的分析结果。不过需要注意的是，目前该软件的license是收费的。不过还可以考虑通过提取环状DNA和滚环扩增的方式获得eccDNA，并进行后续的测序和组装，这时候相对于对软件依赖的限制就相对较小了，但是对于线性DNA背景的排除依然是个问题，在基因组DNA的提取、扩增、质控及后续分析方面还需要诸多探索。环状DNA在不同基因区域、重复序列元件区域分布。宁夏云序环状DNA研究

eccDNA究竟是如何形成的，目前尚没有十分确切的解释，目前推测的可能机制包括以下几种：（A）DNA复制过程中，形成发夹结构，接着在DNA聚合酶的作用下，通过滑动形成环状，并从染色体中切割下来并复制形成双链环状DNA，这种形成方式的特点是染色体原始位置上的这段序列发生了缺失；（B）DNA复制时形成R-loop结构，在这种结构中，其中一条链发生折叠，形成环状结构并切割下来，形成环状DNA，发生断裂的双链通过DNA的损伤修复机制进行补齐，因此这种方式不会造成染色体原始序列的损伤；（C）通过DOIRA模型，通过双链复制的方式形成；也不会造成原始序列损伤；（D）通过双链的同源区域的重组，造成双链同时断裂，往往通过这种方式会产生Mb以上的较大的eccDNA，并且原始序列会发生缺失。山西云序环状DNA平台样品保存：细胞样品或新鲜组织块切块，液氮冻存后-80℃保存；DNA样品短期内可-20℃，避免反复冻融。

云序eccDNA测序优势 一站式服务 客户只需提供细胞、组织或基因组DNA，云序生物为您完成从eccDNA富集，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。 eccDNA检出率高 采用多种方法高效地富集eccDNA，eccDNA检出率高。 专业的生物信息学分析 专业的生物信息学团队，开发了高效识别分析eccDNA的算法，满足客户的各类深入数据分析需求。 样本要求 样品类型： 细胞、组织、基因组DNA。其它类型样品请详询。 样品量： a）细胞 2×107 b）组织 100mg c）DNA：每个样品总量不少于10ug，溶于无菌水或 TE（PH = 8）（OD 260/280值应在1.7～2.0 之间；RNA 应该去除干净；不得有其它个体或其它物种的DNA污染）。 样品运输及保存： 样品运输：样品置于1.5mL Eppendorf管中，封口膜封好，干冰运输，DNA可用冰袋运输。 样品保存：细胞样品或新鲜组织块切块，液氮冻存后-80℃保存；DNA样品短期内可-20℃，避免反复冻融。

传统上，环状 DNA 被认为only存在于原核生物以及部分病毒当中，在真核生物当中，only有半自主细胞器线粒体和叶绿体当中具有环状 DNA。1964年，伊利诺伊大学的 Yasuo Hotta 和 Alix Bassel 却在小麦的胚和公猪精ye当中发现了环状 DNA，证明了这种看似结构怪异的 DNA 在高等植物和哺乳动物中亦存在。从 1960 年代至今的半个多世纪里，研究者已经在几乎所有的物种当中发现环状 DNA 的踪迹。因为这些环状 DNA 存在于染色体之外，因此也得名“染色体外环状 DNA”（ extrachromosomal circular DNA，简称 eccDNA）。不过，eccDNA 虽然早已被证明普遍存在，但是囿于分离纯化以及测序技术的限制，学界对于 eccDNA 的认知，却是只知其存在，不知其来历。环状DNA是一种生物界普遍存在的DNA形式。

4. eccDNA新功能 作者分析测序数据发现神经母细胞瘤基因组中多数染色体内和染色体间基因的重排与eccDNA区域相吻合，支持了eccDNA介导基因组重塑的猜想。而且2018年文章报道在对546个儿科tumour基因组重排情况数据收集分析发现其中9%的儿科tumour的eccDNA存在树状重排模式，由此作者推测eccDNA衍生的树形重排可以dai表eccDNA整合到基因组中形成嵌合体。作者发现环状整合位点以及嵌合体中富集了tumour相关基因。检测整合对于基因表达的影响发现eccDNA整合激huo原ai基因的表达扩增以及异常融合基因表达。这些研究结果为儿童ai症的发病机理研究提供了一个方向，同时也有望成为ai症的诊断标志。云序采用多种方法高效地富集和扩增环状DNA。贵州环状DNA价格

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长期以来困扰 eccDNA 研究者的一大障碍，就是 eccDNA 的分离纯化的有效性问题。以往的 eccDNA 分离纯化技术，往往单纯依赖于对非环状 DNA 的去除，然而外切酶对线性 DNA 无法做到完全消化，经电镜观察检验，仍有大量线性 DNA 残留，导致分离纯化的 eccDNA 不纯。除此以外，传统 eccDNA提取方法中所使用的细胞裂解液当中含有的 NaOH 也对 DNA 的环状结构具有不可逆的破坏作用，导致部分 eccDNA 的丢失；对分离纯化后的 eccDNA 所进行的滚环扩增，也可能造成不同大小环状 DNA 之间扩增倍数的差异。为了改善以上种种不足，张毅教授团队的研究者们设计了一种高效的 eccDNA 纯化新技术。宁夏云序环状DNA研究