中国台湾研究表观遗传组测序分析

DNA甲基化是基因组一种主要的表观遗传修饰形式，它能够调控基因表达、染色质稳定性、X染色体失活及抑制病 毒和外源基因的表达等生物过程，与人类的ai症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关，是表观遗传学研究中的热点之一。 云序生物提供新一代的DNA甲基化芯片Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip测序服务（下文中以850K芯片代称）。850K甲基化芯片有效的利用高通量筛选技术，不但实现基因区域和CpG岛的覆盖，还包括 CpG 岛之外的甲基化位点、在人类干细胞中鉴定出了非 CpG 甲基化位点、miRNA 启动子区域、以及tumsor和正常组织中差异表达的甲基化位点等。普遍应用于ai症、tumsor和其他复杂疾病的研究，是目前适合表观基因组全关联分析研究的全基因组DNA甲基化芯片。但新的研究表明：无论是在正常体细胞还是ai细胞中，都存在大量染色体外环状DNA。中国台湾研究表观遗传组测序分析

案例1：小肠腺ai的特异性甲基化组图谱 本文通过MeDIP测序研究了小鼠模型小肠腺ai起始过程中的甲基化变化，发现了13,000多个与小肠腺ai发生相关的差异甲基化区（DMRs）。进一步分析发现：组蛋白修饰复合物PRC2的靶基因在高甲基化DMRs中明显富集，说明组蛋白修饰与DNA甲基化密切相关。此外，在不同类型细胞中，通过重亚硫 酸盐焦磷酸测序证实：这些DMRs是腺ai细胞中全新形成的，而不是通过小肠干细胞或未分化隐窝细胞中已有甲基化模式的扩展形成的。更为有趣的是，作者发现了一些DMRs，它们在小鼠腺ai和人类结肠ai间是保守的，并因此找到了一些在结肠ai中受表观遗传修饰的基因，揭示了甲基化修饰作为临床分子标志物的潜力。四川表观遗传组测序分子近日，Nature杂志上发表了颠覆性研究成果：在tumsour中，主要的ai基因转录本是直接来自于环状DNA的。

云序优势 单碱基分辨 分辨率高，可以直接检测到发生甲基化的确切位点。 覆盖范围广： 检测>850,000个 CpG 位点，覆盖CpG岛、启动子、编码区、开放染色质和增强子等。 一站式服务： 客户只需提供细胞、组织或基因组DNA，云序生物为您完成从DNA富集，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。 严格的质控： 云序生物对805K芯片测序实验的各个关键步骤进行严格的质控，全程监控实验质量，确保客户得到优zhi的数据。 专业的生物信息学分析 专业的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析需求。

ATAC测序的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing,运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割，进而获得在该特定时空下基因组中活跃转录的调控序列。这项技术只需少量细胞便可获得实时全基因组活性调控序列信息，应用于转录因子结合分析、核小体定位、活性调控元件分布等研究，在表观遗传机制研究领域有广阔的应用前景。 云序生物对染色质开放区域进行研究的技术是利用ATAC测序技术，其原理为：利用DNA转座酶可以携带DNA去识别染色质开放区域。人为地将携带已知DNA序列标签的转座复合物（即带着测序标签的转座酶），加入到细胞核中，再利用已知序列的标签进行建库后测序，从而识别染色质的开放区域。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。

案例1：解析组蛋白修饰 原文：Epigenomic analysis of multilineage differentiation of human embryonic stem cells 期刊：Cell 影响因子：31.39 为了研究胚胎发育过程中的表观遗传调控，本文结合ChIP测序、甲基化测序和转录组测序，系统性地调查了人类胚胎干细胞在分化为不同类型细胞过程中的染色体修饰、DNA甲基化修饰以及转录组变化。通过各种测序数据的联合分析发现：胚胎发育早期活跃的启动子CpG含量比较高，并且在不表达的细胞中它们往往具有组蛋白H3K27me3修饰，从而维持抑 制状态。相反地，胚胎发育后期表达的基因的启动子CpG含量比较低，并且主要通过DNA甲基化维持抑 制状态。 cfDNA是人体组织排放到血液、尿液或脑脊液等循环体系中的降解的DNA小片段。吉林表观遗传组测序是什么

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案例2 ：鼻细胞表观基因甲基化作为儿童哮chuan和气道炎症生物标志物的研究 期刊：Nature Communication 影响因子：11.878 本文作者研究团队首先借助850K甲基化芯片平台对547名儿童鼻孔细胞表观基因组做了DNA甲基化检测分析，并对当前的哮chuan、变应原致敏、变应性鼻炎、呼出气一氧化氮(FeNO)和肺功能进行了鼻表观基因组关联分析(EWAS)。结果显示DNA差异甲基化主要发生在哮chuan相关基因、参与Th2和嗜酸性反应的基因、以及可能改变呼吸上皮的通透性和功能的基因。作者还发现发现随着过敏和哮chuan生物标志物的升高，表观遗传年龄会加速。综上所述，鼻细胞外基因组甲基化可以作为哮chuan、过敏和气道气道炎症的敏感生物标志物，以及这些表型的特异性生物学过程。中国台湾研究表观遗传组测序分析