湖南研究测序

案例1：环状DNA促进染色质的开放和促cancer基因的表达 原文：Wu, S., Turner, K.M., Nguyen, N. et al. Circular ecDNA promotes accessible chromatin and high oncogene expression. Nature (2019) . 期刊：Nature 影响因子：43.07 研究团队首先结合二代全基因组测序和光学匹配（optical mapping），从序列的角度发现，扩增出来的环状DNA形成了环状结构,不仅证实了tumour中的环状DNA确实是环状的，还证明了环状DNA的染色质是高度开放的，从而进一步阐释了环状DNA能大量表达cancer基因和其环状结构介导的超远距离相互作用，这也表明了环状DNA可能形成了新的基因调控回路和在驱动tumour异质性的机制研究中发挥着重大的作用。环状RNA是新发现的一类新型非编码RNA分子。湖南研究测序

案例2：2’-O-RNA甲基化酶FTSJ3协助HIV病 毒逃避宿主细胞免疫识别机制 原文：FTSJ3 is an RNA 2’-O-methyltransferase recruited by HIV to avoid innate immune sensing 期刊：Nature 影响因子：41.6 外国研究人员首先借助蛋白互作实验证实TRBP蛋白能够在不依赖于DICER酶的作用下与FTSJ3结合，形成复合物，因此推测，FTSJ3是一种2'-O-甲基化转移酶。接着，体外和体内实验表明FTSJ3就是一种通过TRBP被招募到HIV RNA上的2'-O-甲基化转移酶。通过优化的2’-O-RNA甲基化测序手段，证实在HIV病 毒遗传信息的特定位置上存在依赖于FTSJ3的2'-O-甲基化修饰。综上，该研究证实TRBP-FTSJ3复合物通过招募到HIV病 毒RNA发生2'-O-甲基化从而解释了HIV病 毒逃避宿主细胞先天免疫识别的机制。广西测序平台根据注释信息，绘制富集峰在不同基因组特征上的比例图。

案例1：m5C RNA甲基化调控mRNA出核新机制 原文：5-methylcytosine promotes mRNA export — NSUN2 as the methyltransferase and ALYREF as an m5C reader 期刊：Cell Research 影响因子：15.60 中科院汪海林等研究团队揭示了m5C修饰在mRNA的分布图谱规律及其对调控mRNA出核作用新机制。研究人员建立了改进的RNA m5C单碱基分辨率高通量测序与生物信息分析技术，以此揭示mRNA m5C的分布规律，并绘制了精细的m5C修饰图谱，发现m5C在mRNA的翻译起始位点下游有明显富集，并且主要分布于CG富集区域。通过分析对比人和小鼠不同组织，发现m5C在mRNA上的分布特征在哺乳动物中十分保守，而在不同组织中修饰的基因具有特异性。研究团队同时发现，在小鼠睾丸发育过程中，动态的m5C修饰基因明显富集于精子发育相关功能，提示m5C修饰参与生殖发育调控。

核糖体印迹测序又称Ribosome profiling，或Ribo-seq，是运用测序手段研究翻译组学的一种主要的技术手段。该技术通过使用翻译抑制剂使正在翻译的mRNA序列固定在核糖体上。加入核酸酶处理不受核糖体保护的mRNA，分离核糖体并提取纯化核糖体上未被消化的短片段mRNA（大约30nt），进而获得正在翻译的mRNA序列。这项技术可获得实时全转录组正在翻译的序列信息，使研究者能从分子水平检测蛋白组的翻译情况，并了解蛋白质的翻译水平及翻译过程，在蛋白翻译机制的研究领域中有广阔的应用前景。m6A环状RNA测序，云序生物提供成熟m6A RNA甲基化MeRIP-seq服务。

云序生物对ac4C RNA乙酰化检测手段为acRIP-Seq技术，技术原理如下： 将乙酰化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育，抓取有乙酰化修饰的片段进行测序；同时需要平行测序一个对照（Input）样本，对照样本只含有打断的RNA的片段，并不添加RNA乙酰化特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取的乙酰化片段的背景。对比免疫共沉淀（IP）样本和对照样本（Input）中的序列片段，将RNA乙酰化修饰位点定位到转录组上，并根据RNA-seq数据，计算样本中RNA乙酰化程度及对RNA表达水平的影响。m1A 环状RNA测序，针对m1A修饰也采用MeRIP-seq技术。山东上海云序生物测序

云序生物拥有受行业认可的BD Rhapsody™单细胞测序平台。湖南研究测序

ac4c样品要求 样品类型 细胞、组织或RNA，其他样本类型请电询。 样品量 a）细胞：≥2×107 b）组织：500mg - 1g c) RNA：30μg - 300μg d) 超微量满足500ng - 30μg 样品运输与保存 样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。 样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。目前，环状DNA不只可以作为一种新型特异的tumour标志物，还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。湖南研究测序