1. eccDNA成环的整体统计 eccDNA测序结果充分体现了基因组水平成环的多样性。eccDNA来源十分丰富,同一个基因有可能会产生非常多的环状,同样一个环状也不onlyonly只会包含一个外显子。TTN基因就是一个非常典型的例子。该基因长度达到了0.3Mb,而这样一个基因竟然能衍生得到130个eccDNA,是一个经典的编码基因区域成环的案例。其中比较有代表性的是43-66以及44-52号外显子所组成的环状分子。eccDNA测序的目的正是在组学的层面上的描述刻画eccDNA的成环多种可能性。在tumour中,主要的ai基因转录本是直接来自于环状DNA的,而环状DNA的染色质是高度开放的。重庆技术环状DNA
聚焦孕期女性血浆当中的eccDNA检测。不同于线性DNA,eccDNA长度更长,母系来源的eccDNA比胚胎来源的eccDNA分子长度也更长。成环位点上下游的信息有效的提示了可能的eccDNA形成机制,为接下来eccDNA的进一步研究奠定基础。这些成果都有利于推动eccDNA在液体活检以及生物标志物方面的应用。 2020年年初的寒潮并不能冰冻eccDNA在科研界的火热。重量级期刊的文章发表已经为我们一年的科研指明了方向,游走在线性DNA之外的eccDNA将是生物医学领域best闪亮的星。新分子,新方向,机遇与挑战并存,运气与实力同在,祝愿各位生物医学的工作者在新的一年能抢占先机,eccDNA将是您科研新年新气象的很好的选择。山西环状DNA介绍可以预见的是,环状DNA将迅速成为新的科研热点,甚至会对传统遗传学和基因组学带来**性影响。
5. eccDNA具有转录活性 eccDNA能够高效扩增成环序列,这种扩增是否有转录活性?RNA转录本是否onlyonly来源于传统线性的染色体?要回答这一问题,作者通过RNA-seq(云序提供该服务)进行探索,结果发现split-reads,即在RNA-seq测序的结果当中同样发现了能够跨过相同剪切位点的测序片段,这种片段的剪切位点和eccDNA成环的剪切位点序列保持一致,说明环形的eccDNA也具有转录活性,这一点非常重要,这很有可能造成成环基因(尤其原ai基因和耐药基因)在转录本水平的明显高表达从而进一步促进ai症的发生和发展,是非常具有临床意义的研究成果。
从eccDNA全新视角理解生物过程的发生和发展,这篇Nature Communication文章提供了best好的参照。研究者在进行eccDNA-seq之后对高通量数据进行整理归纳,从eccDNA的个数、长度、来源、分布和基因相关性进行深入分析,造就一篇10分以上“表达谱”的文章。这将会是一个契机,通过快速的eccDNA-seq结合PCR方式率先用“谱”的方式快速阐述一个疾病当中哪些基因易于成环、哪些基因扩增效率更高并快速和疾病的发生和发展建立联系,有理由相信这种虽然简单但是高度创新的文章一定会备受瞩目,影响因子再创新高。云序对整体或单独样本中的环状DNA在各染色体上的数量、密度进行统计和展示。
ai基因在eccDNA上扩增的重新发现以及eccDNA在tumour基因组重排的新发现,不only挑战了目前对于tumour基因重排的理解,还迫切促使我们重新考虑当前ai症基因组图谱包含的空间信息。而本文这项研究只在神经母细胞瘤中,还有待将来扩展到其他类型的tumour,因此eccDNA在其他ai症基因组图谱和新功能还有更广阔的探索空间,相信eccDNA作为新时代的科研探索热点势不可挡,为了帮助老师们搭上eccDNA探索的“高铁”,此刻云序生物向各位研究者隆重推荐best新eccDNA-seq技术,该技术作为业内率先发布的eccDNA测序服务,能够帮助大家紧扣科研时代脉搏,紧跟前沿步伐,更快、更好、更新的满足大家对于eccDNA的研究需求,欢迎新老客户来电咨询。环状RNA CDR1as破坏p53/MDM2复合体,抑制胶质瘤的形成。广西环状DNA分析
专业的生物信息学团队,通过优化的算法能够高效识别染色体外环状DNA。重庆技术环状DNA
人血浆中细胞游离的DNA(cfDNA)的片段化模式是引起人们普遍研究的领域。在怀孕期间,观察到胎儿血浆DNA(主要是胎盘来源)是线性DNA的片段,比母体来源(主要是造血来源)DNA短。有研究报道了人和鼠血浆中存在染色体外环状DNA(eccDNA)。但是,尚无有关孕妇血浆中eccDNA的公开数据。2020年1月3日,香港大学卢煜明团队在PNAS 在线发表题为“Identification and characterization of extrachromosomal circular DNA in maternal plasma”的研究论文。重庆技术环状DNA