可以说,ctDNA的应用已经渗透到tumsor全程管理的各个环节。 早期筛查:与甲基化检测结合,或能较早检出tumsor的发生;技术不断成熟,有望使其成为tumsor早筛的新方法。 分子诊断:用于组织学检测的替代或有效补充,检测已知的驱动基因,如肺cancerEGFR、ALK突变等,指导医治。 残余病灶检测:可基于ctDNA,进行术后分子残留病灶检测,并进一步预测巩固医治的疗效。 疗效评估:系列、动态的检测ctDNA中的基因突变情况(如EGFR突变丰度),有效评估tumsor通路状态,评估靶向医治的疗效。云序生物具有丰富样本处理经验,采用ctDNA提取试剂盒,富集效率高。中国台湾修饰表观遗传组测序文章
指导用药:与传统组织相比,取样简单、相对无创。采用ctDNA检测相应驱动基因突变,指导靶向医治。也可同时进行耐药突变检测,指导耐药后医治。 tumsor代表性:tumsor异质性强,传统组织样本的检测有时会因代表性欠佳而使医治失败。ctDNA能更好的反映tumsor全貌,有效避免tumsor异质性难题。 实时监控:无创易获取的特点,使ctDNA样本能随时获得,对全程医治中的各个时间点进行相应突变的实时监控,动态监测满足了个体化医治时代的需求。云序生物提供的MeDIP测序服务,将甲基化DNA免疫共沉淀技术(MeDIP)和高通量测序相结合,能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱,并比较不同样品中的甲基化分布差异。湖北研究表观遗传组测序结果环状DNA连登《Nature》《Cell》等期刊,彻底颠覆了人们对基因遗传的传统认知。
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究蛋白质与DNA相互作用的经典技术,被普遍应用于转录因子结合位点或组蛋白修饰位点的研究。 云序生物提供的ChIP-Seq服务,将ChIP和高通量测序技术结合,在全基因组范围内检测与特定转录因子或组蛋白结合的DNA位点。配合强大的生信分析实力,云序生物提供的不仅是海量的测序数据,而且是根据您的研究目的,有针对性地挖掘提炼出取之即可用的结果及出版级图片。云序生物提供的MeDIP测序服务,将甲基化DNA免疫共沉淀技术(MeDIP)和高通量测序相结合,能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱,并比较不同样品中的甲基化分布差异。
而NGS技术能够检测基因突变。靶向深度测序和基于捕获物测序的方法可以在指定区域进行检测。重要的是,外显子血浆DNA分析开辟了一种新的机遇,即其可以描述突变组的特征,而不需要关注之前或者现在存在的突变。基于NGS的ctDNA全基因组测序,不仅可以发现染色体重组,易位等情况,其对tumsor标记物还具有敏感性和特异性。同时,在选定的情况下,基于NGS的ctDNA测序还能发现体细胞拷贝数的畸变。正是基于以上优势,NGS在ctDNA检测中,开始扮演越来越重要的角色。而基于NGS的ctDNA检测的效果,也在很多临床实验中得到了证实。促进tumsour细胞演进和适应性进化,增加了基因组的可塑性和不稳定性。
游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosoma l DNA,ecDNA)被发现常常以环状的形式存在,这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA)。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA,而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。 环状DNA连登《Nature》《Cell》等期刊,彻底颠覆了人们对基因遗传的传统认知,成为了很有潜力的科研新热点。云序生物环状DNA甲基化测序技术基于转座酶和m5C位点酶学转化方法,用核酸外切酶V消化以去除线性DNA。通过转座酶打开环状DNA的环形结构,并在DNA的片段的两端加上接头。通过Klenow酶修复转座产物的末端缺口。通过温和的酶转化法,将未甲基化的胞嘧啶(C)高效地转化为尿嘧啶(U),后续进行文库构建与高通量测序,从而获得发生甲基化修饰的环状DNA。该技术可以同时检测环状DNA和环状DNA的甲基化修饰状态,为环状DNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。ctDNA甲基化与ai症发展各时期关系密切,特别是ai症早期。山东技术表观遗传组测序介绍
文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。中国台湾修饰表观遗传组测序文章
传统观点认为真核基因组通常形成稳定的线性染色体。但新的研究表明:无论是在正常体细胞还是ai细胞中,都存在大量染色体外环状DNA。近日,Nature杂志上发表了颠覆性研究成果:在tumsor中,主要的ai基因转录本是直接来自于环状DNA的,而环状DNA的染色质是高度开放的,环状DNA的ai基因能够大量表达,同时缺乏丝粒,导致不遵照孟德尔定律进行遗传,这种特性使得环状DNA是驱动tumsor异质性的重要机制。由此可见,由于其结构和表达的特异性,环状DNA可以影响细胞生命活动,促进tumsor细胞演进和适应性进化,增加了基因组的可塑性和不稳定性。目前,环状DNA不但可以作为一种新型特异的tumsor标志物,还在tumsor发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。可以预见的是,环状DNA将迅速成为新的科研热点,甚至会对传统遗传学和基因组学带来**性影响。中国台湾修饰表观遗传组测序文章
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