陕西项目表观遗传组测序分析

CUT&Tag 有望将蛋白与染色质 DNA 互相作用的研究变成了一种类似 PCR 反应的常规操作，对基因调控、表观遗传等领域的研究具有**性的意义 在生物学研究中，DNA 与蛋白质之间的相互作用（DNA-Protein Interaction, DPI）是至关重要的，基因的表达、调控、复制、重组和修复，RNA 的转运、翻译和调控，都离不开 DPI，几乎所有的生命活动都会涉及 DPI。 早在十九世纪后期，科学家就通过显微镜观察到了蛋白质与 DNA 直接的相互作用，从那以后，他们开始深入探索蛋白质结合并控制 DNA 的作用机制。ctDNA特指来源于tumsour细胞的cfDNA，是液体活检主流方向。陕西项目表观遗传组测序分析

案例1：ctDNA羟甲基化可作为人类ai症诊断的分子标志物 期刊：Cell Research 影响因子：15 本篇文章的作者是复旦大学华山医院的刘杰教授课题组与芝加哥大学何川教授课题组合作通过检测不同ai症样本中ctDNA羟甲基化分布和水平。本文通过ctDNA羟甲基化检测技术，在全基因组范围内，检测ai症与健康人中ctDNA羟甲基化的水平。检测的ai症类型包括肠ai，胃ai，胰腺ai，肝ai，甲状腺ai，检测组织类型包括ai症及ai旁组织，血浆和白血球。结果发现，5hmC主要分布在基因组的转录活性区，可能与开放染色质和允许组蛋白修饰相关。同时，5hmC对特定ai症类型高敏感，如肠ai和胃ai。总的来说，ctDNA羟甲基化检测为日后通过血浆样本进行无创诊断奠定了良好的基础。宁夏分析表观遗传组测序分子该技术可以同时检测环状DNA和环状DNA的甲基化修饰状态。

1、DNA甲基化富集峰的识别 通过高通量测序和生物信息分析，识别甲基化富集的基因组区域，默认p <= 1e-5（具体参数以报告为准，云序生物会根据数据，适当调整参数）的峰为统计上明显的甲基化区 注：每个样品组做一个Input，以去除基因组背景，降低假阳性率 2、DNA甲基化区域富集峰的注释 富集峰识别后，得到的是一堆基因组位置信息，通过生物信息分析利用邻近基因对富集峰进行注释，并根据峰中点相对于已知基因的位置，将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰

在过去十年中，对非小细胞肺ai（NSCLC）的理解发生了重要的变化。现在证实，NSCLC具有不同的分子亚型。现在医生认为，针对NSCLC的个性化医治，应该是利用这些分子亚型匹配相对应的靶向疗法。表皮生长因子（EGFR）突变和ALK易位被认为是NSCLC医治很有效的靶点。但是EGFR和ALK的突变数量是多种多样的，并且我们检测到的突变类型还在不断地增加。因此，现代科学家们利用基于NGS的ctDNA技术，从患者血液中可以获得ROS1，BRAF，KRAS，HER2-，c-MET，RET，PIK3CA，FGFR1和DDR2的突变信息，从而利用这些突变信息为患者选择合适的靶向疗法。文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

ChIP-Seq（Chromatin Immunoprecipitation Sequencing）因能真实、完整地反映靶蛋白与DNA序列的结合情况，因而成为研究DNA-蛋白相互作用的经典方法。但ChIP-Seq继承了ChIP的难点与局限性：需要大量细胞投入（106-107），甲醛交联易导致假阳性或假阴性，对染色质的完整性、免疫沉淀抗体的特异性较为敏感，整体实验步骤复杂耗时长，测序数据背景信号高等，这些难点使得低投入量、低丰度的靶蛋白、弱结合DNA-蛋白质的研究变得较为困难。可以预见的是，环状DNA将迅速成为新的科研热点。江苏修饰表观遗传组测序平台

甚至会对传统遗传学和基因组学带来**性影响。陕西项目表观遗传组测序分析

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