宁夏研究表观遗传组测序平台

指导用药：与传统组织相比，取样简单、相对无创。采用ctDNA检测相应驱动基因突变，指导靶向医治。也可同时进行耐药突变检测，指导耐药后医治。 tumsor代表性：tumsor异质性强，传统组织样本的检测有时会因代表性欠佳而使医治失败。ctDNA能更好的反映tumsor全貌，有效避免tumsor异质性难题。 实时监控：无创易获取的特点，使ctDNA样本能随时获得，对全程医治中的各个时间点进行相应突变的实时监控，动态监测满足了个体化医治时代的需求。云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比较不同样品中的甲基化分布差异。由此可见，由于其结构和表达的特异性，环状DNA可以影响细胞生命活动。宁夏研究表观遗传组测序平台

传统观点认为真核基因组通常形成稳定的线性染色体。但新的研究表明：无论是在正常体细胞还是ai细胞中，都存在大量染色体外环状DNA。近日，Nature杂志上发表了颠覆性研究成果：在tumsor中，主要的ai基因转录本是直接来自于环状DNA的，而环状DNA的染色质是高度开放的，环状DNA的ai基因能够大量表达，同时缺乏丝粒，导致不遵照孟德尔定律进行遗传，这种特性使得环状DNA是驱动tumsor异质性的重要机制。由此可见，由于其结构和表达的特异性，环状DNA可以影响细胞生命活动，促进tumsor细胞演进和适应性进化，增加了基因组的可塑性和不稳定性。目前，环状DNA不但可以作为一种新型特异的tumsor标志物，还在tumsor发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。可以预见的是，环状DNA将迅速成为新的科研热点，甚至会对传统遗传学和基因组学带来**性影响。河北项目表观遗传组测序分子云序生物率先推出ctDNA甲基化测序服务，需1ng ctDNA既可进行测序。

不同于已经得到深入研究的基因组 DNA 的表观遗传修饰，ctDNA 的 5mC 甲基化修饰研究仍然是一个未被充分探索的领域，对于科研者来说是一个尚待挖掘的金矿。既然如此，那我们是不是可以按图索骥，直接将基因组 DNA 甲基化修饰研究的传统方法照搬到 ctDNA 的5mC 甲基化修饰研究上来呢？答案是否定的：因为 ctDNA 含量低、缺乏染色质结构的保护，若直接将研究基因组 DNA 的 5mC 修饰的传统方法应用于 ctDNA，则会遇到南橘北枳的困境，云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比较不同样品中的甲基化分布差异。

ctDNA/cfDNA 之所以引起学界这么大的研究热情，与其在临床上广阔的应用前景是分不开的。相比于目前tumsor诊断当中普遍使用的组织活检，ctDNA 测序对患者的伤害小，且可以多次、实时地进行提取检测，在临床运用上具有极大的优势，有助于ai症的早发现、早医治，被誉为“液体切片活检”。ctDNA 的甲基化检测，同时结合了 ctDNA 测序于 DNA 甲基化测序的优势，在ai症检测方面提供更好的特异性和灵敏度。在 2021 年，已有 ctDNA/cfDNA 甲基化测序相关的商业化产品面市文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

为了研究 DPI，科学家发明了很多方法：凝胶阻滞、DNaseI 足迹实验、甲基化干扰、体内足迹、酵母单杂、ChIP-Seq 等。其中 ChIP-Seq 因其能真实、完整地反映结合在 DNA 序列上的靶蛋白，是目前全基因组水平研究 DPI 的标准实验技术。 ChIP-Seq 的基本过程包括甲醛交联将细胞内与 DNA 结合的蛋白固定，再裂解细胞，超声断裂 DNA，将 DNA-蛋白质复合物结合在特异性抗体上，再用可以结合抗体的 ProteinA 磁珠将抗体-蛋白-DNA 复合物抓取下来，之后将 DNA 与蛋白解离，将 DNA的片段补平，加 A，加接头，进行高通量测序。 然而，由于 ChIP-Seq 实验过程中的甲醛交联、染色质片段化、免疫共沉淀以及文库构建等步骤繁琐且条件难以控制，常规 ChIP-Seq 实验需要大量细胞，且实验重复性差、信噪比低。ctDNA甲基化基因的有效性（AUC：0.816）远高于传统分子标志物AFP（AUC：0.969）。广东分析表观遗传组测序价格

这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA）。宁夏研究表观遗传组测序平台

案例2：良性和恶性外周神经鞘膜瘤的比较甲基化组分析 Feber, A., G. A. Wilson, et al. "Comparative methylome analysis of benign and malignant peripheral nerve sheath tumors." Genome Res 21(4): 515-24. MeDIP测序可以对基因组中的甲基化区进行无偏差的分析，而不只局限于基因启动子和CpG岛。本文通过MeDIP测序对恶性外周神经鞘膜瘤、良性神经纤维瘤和正常雪旺细胞中的甲基化组进行了比较分析，找到了101,466个ai症特异性差异甲基化区（cDMRs）。数据表明：这些cDMRs在两类卫星重复序列（SATR1 和ARL a）中明显富集；此外，高甲基化cDMRs在CpG岛岸、非CpG岛相关启动子中明显富集，而低甲基化cDMRs在SINE重复序列中明显富集。通过与基因表达数据的联合分析发现：与CpG岛岸cDMRs相关的基因的表达模式可以区分疾病表型。宁夏研究表观遗传组测序平台

上海云序生物科技有限公司是一家上海云序生物科技有限公司于2015年3月成立，坐落于上海漕河泾新兴技术开发区，专注于表观修饰以及转录组领域，依托于高通量测序、定量PCR、质谱技术和生物信息学等技术，集科研服务、医学检测、产品研发于一体的****。的公司，是一家集研发、设计、生产和销售为一体的专业化公司。云序生物拥有一支经验丰富、技术创新的专业研发团队，以高度的专注和执着为客户提供RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体。云序生物不断开拓创新，追求出色，以技术为先导，以产品为平台，以应用为重点，以服务为保证，不断为客户创造更高价值，提供更优服务。云序生物始终关注商务服务行业。满足市场需求，提高产品价值，是我们前行的力量。