染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究蛋白质与DNA相互作用的经典技术,被普遍应用于转录因子结合位点或组蛋白修饰位点的研究。 云序生物提供的ChIP-Seq服务,将ChIP和高通量测序技术结合,在全基因组范围内检测与特定转录因子或组蛋白结合的DNA位点。配合强大的生信分析实力,云序生物提供的不仅是海量的测序数据,而且是根据您的研究目的,有针对性地挖掘提炼出取之即可用的结果及出版级图片。云序生物提供的MeDIP测序服务,将甲基化DNA免疫共沉淀技术(MeDIP)和高通量测序相结合,能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱,并比较不同样品中的甲基化分布差异。这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA)。上海服务表观遗传组测序介绍
案例1. ATAC-Seq与RNA-Seq关联分析 期刊:The Plant Cell 影响因子:8.23 原文:EGRINs (Environmental Gene Regulatory Influence Networks) in Rice That Function in the Response to Water Deficit, High Temperature, and Agricultural Environments 本篇文章是利用ATAC-seq与RNA-seq联合分析的经典案例。作者选择5个不同的水稻品种,对它们分别进行热处理和干旱处理以模拟高温和缺水这2种胁迫环境。进一步通过对这种胁迫处理的5个水稻品种进行RNA-seq检测RNA的表达差异和ATAC-seq检测染色质开放区域差异。再联合ATAC-seq数据和RNA-seq数据,以及转录因子的motif信息。构建植物应激的转录因子-靶基因的调控网络图,并寻找关键的转录因子-靶基因模块,预测了关键转录因子活性。完成植物在应激情况下反应相关的转录因子的研究。四川项目表观遗传组测序案例cfDNA是人体组织排放到血液、尿液或脑脊液等循环体系中的降解的DNA小片段。
多次实验之间的一致性更高 EM-seq 文库在不同起始量之间的相关性都很高,表明 EM-seq 检出的数据具有很好的可重复性,且甲基化检测灵敏度不会随着起始量的减少而降低;相形之下,不同的 WGBS 文库之间的相关性就不够理想。更精准地检测转录起始位点的甲基化数据 在低表达基因的转录起始位点附近,胞嘧啶一般会发生甲基化修饰,但由于 WGBS 法倾向于低估 GC 区域,因此难免遗漏一些转录起始位点附近的甲基化修饰;EM-seq 因为其出色的 GC 覆盖均一性,可以更精准地检测转录起始位点的甲基化数。
EM-seq 的优势相比于传统的WGBS 拥有多种优势: DNA 测序文库质量高、所需 DNA 起始量小 相比于WGBS,EM-seq 对 DNA 的损伤小,因此可以用更少 DNA 样品、更少的 PCR 轮数扩增出高质量的测序文库。云序生物提供的 EM-seq 服务,所需的 DNA 起始量可低至10ng。 DNA 文库的插入片段更长、更完整 相比于WGBS,EM-seq 处理后的 DNA的片段更完整,长度更长,避免产生测序缺口。出色的 GC 覆盖均一性 无论 GC 程度高低,EM-seq 的覆盖度都有均匀且优良的表现;相比之下,WGBS 测序文库高估了 AT 区,却低估了 GC 区,造成“GC 覆盖度偏误”。目前,环状DNA不但可以作为一种新型特异的tumsour标志物。
DNA甲基化是基因组一种主要的表观遗传修饰形式,它能够调控基因表达、染色质稳定性、X染色体失活及抑制病 毒和外源基因的表达等生物过程,与人类的ai症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关,是表观遗传学研究中的热点之一。 云序生物提供新一代的DNA甲基化芯片Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip测序服务(下文中以850K芯片代称)。850K甲基化芯片有效的利用高通量筛选技术,不但实现基因区域和CpG岛的覆盖,还包括 CpG 岛之外的甲基化位点、在人类干细胞中鉴定出了非 CpG 甲基化位点、miRNA 启动子区域、以及tumsor和正常组织中差异表达的甲基化位点等。普遍应用于ai症、tumsor和其他复杂疾病的研究,是目前适合表观基因组全关联分析研究的全基因组DNA甲基化芯片。同时检测环状DNA及其甲基化状况,节约样品,性价比高。上海云序表观遗传组测序
通过Klenow酶修复转座产物的末端缺口。上海服务表观遗传组测序介绍
在过去十年中,对非小细胞肺ai(NSCLC)的理解发生了重要的变化。现在证实,NSCLC具有不同的分子亚型。现在医生认为,针对NSCLC的个性化医治,应该是利用这些分子亚型匹配相对应的靶向疗法。表皮生长因子(EGFR)突变和ALK易位被认为是NSCLC医治很有效的靶点。但是EGFR和ALK的突变数量是多种多样的,并且我们检测到的突变类型还在不断地增加。因此,现代科学家们利用基于NGS的ctDNA技术,从患者血液中可以获得ROS1,BRAF,KRAS,HER2-,c-MET,RET,PIK3CA,FGFR1和DDR2的突变信息,从而利用这些突变信息为患者选择合适的靶向疗法。上海服务表观遗传组测序介绍
上海云序生物科技有限公司致力于商务服务,是一家服务型的公司。公司业务分为RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体等,目前不断进行创新和服务改进,为客户提供良好的产品和服务。公司将不断增强企业重点竞争力,努力学习行业知识,遵守行业规范,植根于商务服务行业的发展。在社会各界的鼎力支持下,持续创新,不断铸造***服务体验,为客户成功提供坚实有力的支持。