企业商机
表观遗传组测序基本参数
  • 品牌
  • 高通量测序,测序合成,科研,技术服务
  • 公司名称
  • 上海云序生物科技有限公司
  • 行业类型
  • 生物
  • 安全质量检测类型
  • 测序
  • 所在地
  • 北京,海南,上海,河北,广州,河南,湖北,深圳,成都,湖南,杭州,吉林,南京,江苏,天津,江西,武汉,辽宁,重庆,宁夏,安徽,青海,中国澳门,山东,福建,山西,甘肃,陕西,广东,四川,广西,中国台湾,贵州,西藏,内蒙古,黑龙江,浙江,云南,新疆,香港
  • 检测类型
  • 测序
表观遗传组测序企业商机

CUT&Tag技术研究蛋白质-DNA互作的优势 原文:CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells 期刊:Nature Communications 发表时间:20190429 影响因子: 11.878 在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作是至关重要的,参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程,几乎涉及所有的生命活动。目前研究两者互作的方法很多,作者选择了传统的研究手段ChIP-seq,优化的CUT&RUN方法,以及新方法CUT&Tag共同研究组蛋白H3K27me3。通过比对实验结果,发现CUT&Tag有低的背景噪声以及强的信号。通过对H3K4me1修饰物进行分析,显示CUT&Tag的灵敏度高,实验可重复性好。环状DNA连登《Nature》《Cell》等期刊,彻底颠覆了人们对基因遗传的传统认知。湖南文章 表观遗传组测序平台

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技术优势 一站式服务:客户只需提供样本,云序生物为您完成从ctDNA提取,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 特异性富集ctDNA的片段:云序生物具有丰富样本处理经验,采用ctDNA提取试剂盒,富集效率高。 严格质控流程:云序生物质控流程严格,层层把关,为客户提供高准确度的结果。 专业化生物信息分析:云序生物强大生物信息团队,满足客户个性化数据分析要求。 样本要求 1)样品类型:血清、血浆、体液等。其他样本类型请详询。 2)样品量: 血清,血浆:≥5 mL; 体液:请详询。 3)样品保存: 血清、血浆、体液样品,可用液氮速冻后-80℃保存,样品保存期间避免反复冻融。 4)样品运输:样品置于1.5 mL管中,封口膜封好,干冰运输。贵州研究表观遗传组测序介绍促进tumsour细胞演进和适应性进化,增加了基因组的可塑性和不稳定性。

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本文作者利用850K芯片分别检测健康表皮、光化性角化病表皮、皮肤鳞状细胞ai表皮的DNA甲基化状态,发现AK甲基化显示出经典的tumsor甲基化的结构与cSCC的结构高度相似,通过降低DNA甲基化年龄、非CpG岛甲基化、干细胞相关的角蛋白和增强子甲基化模式进一步分析,证实了干细胞甲基化的典型特征。同时还发现这些特征只在一半的样本中检测到,而另一半则显示出与健康的表皮关系更密切。这些都表明AK 和 cSCC 存在两种亚型,并分别起源于不同的角质形成细胞分化阶段。总而言之,本文利用高通量技术手段研究鳞状细胞aiDNA甲基化在细胞分化过程中特征性分析,为其临床学的应用奠定了基础。

ctDNA/cfDNA 之所以引起学界这么大的研究热情,与其在临床上广阔的应用前景是分不开的。相比于目前tumsor诊断当中普遍使用的组织活检,ctDNA 测序对患者的伤害小,且可以多次、实时地进行提取检测,在临床运用上具有极大的优势,有助于ai症的早发现、早医治,被誉为“液体切片活检”。ctDNA 的甲基化检测,同时结合了 ctDNA 测序于 DNA 甲基化测序的优势,在ai症检测方面提供更好的特异性和灵敏度。在 2021 年,已有 ctDNA/cfDNA 甲基化测序相关的商业化产品面市ctDNA甲基化基因的有效性(AUC:0.816)远高于传统分子标志物AFP(AUC:0.969)。

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1、DNA甲基化富集峰的识别 通过高通量测序和生物信息分析,识别甲基化富集的基因组区域,默认p <= 1e-5(具体参数以报告为准,云序生物会根据数据,适当调整参数)的峰为统计上明显的甲基化区 注:每个样品组做一个Input,以去除基因组背景,降低假阳性率 2、DNA甲基化区域富集峰的注释 富集峰识别后,得到的是一堆基因组位置信息,通过生物信息分析利用邻近基因对富集峰进行注释,并根据峰中点相对于已知基因的位置,将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA。海南表观遗传组测序文章

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ChIP-Seq(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing)因能真实、完整地反映靶蛋白与DNA序列的结合情况,因而成为研究DNA-蛋白相互作用的经典方法。但ChIP-Seq继承了ChIP的难点与局限性:需要大量细胞投入(106-107),甲醛交联易导致假阳性或假阴性,对染色质的完整性、免疫沉淀抗体的特异性较为敏感,整体实验步骤复杂耗时长,测序数据背景信号高等,这些难点使得低投入量、低丰度的靶蛋白、弱结合DNA-蛋白质的研究变得较为困难。湖南文章 表观遗传组测序平台

上海云序生物科技有限公司致力于商务服务,是一家服务型的公司。公司业务分为RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体等,目前不断进行创新和服务改进,为客户提供良好的产品和服务。公司将不断增强企业重点竞争力,努力学习行业知识,遵守行业规范,植根于商务服务行业的发展。在社会各界的鼎力支持下,持续创新,不断铸造***服务体验,为客户成功提供坚实有力的支持。

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