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云序优势 一站式服务: 客户只需提供细胞、组织或RNA,云序生物为您完成从MeRIP富集,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 样本要求 样品类型: 细胞、新鲜组织或RNA样品。其它类型样品请详询。 样品量: a) 细胞:2×107 b) 组织:100 mg-1 g c) RNA:30-300 μg(OD260/280:1.6-2.3;RNA无明显降解28S:18S>1.5或RIN>7) 样品运输与保存 样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。 样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。包括:mRNA 5’帽子结构、mRNA内部、pri-miRNA、转运RNA(tRNA)和核糖体RNA(rRNA)。全基因组甲基化和乙酰化

全基因组甲基化和乙酰化,甲基化

案例2: m5C RNA甲基化基因组分布图谱 原文:Distinct 5-methylcytosine profiles in poly(A) RNA from mouse embryonic stem cells and brain 期刊:Genome Biology 影响因子:13.21 近期刊登了解析RNA m5C在不同组织细胞的分布图谱相关文章。研究人员选取小鼠胚胎干细胞(ESC)和脑组织(n=3)作为实验样本,利用m5C RNA甲基化测序技术对两组样本中的总RNA和胞核RNA进行检测。结果表明,ESC中总RNA 5mC的分布频率比脑组织的分布频率更高。研究人员将m5C位点和不同的基因组区域(CDS, 5’-UTR, 3’-UTR等)进行了关联分析。结果表明,总RNA中m5C位点更倾向于分布在转录起始位点。脑组织和ESC中,3’-UTR区m5C的分布区别很大,这暗示着3’-UTR区的RNA m5C修饰可能与细胞功能和细胞类型密切相关。新疆甲基化芯片ctDNA 的甲基化检测,同时结合了 ctDNA 测序于 DNA 甲基化测序的优势。

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案例:mRNA中胞嘧啶核苷乙酰化促进其翻译效率 原文:Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency 期刊:Cell 影响因子:36.22 美国ai症研究所(NCI)和弗雷德里克实验室,发现下调NAT10(RNA乙酰化酶)能够抑 制Hela细胞的行为;并且ac4C是由NTA10催化的mRNA修饰,下调NAT10后,ac4C的总体水平下降;为了进一步探究ac4C的功能,作者对WT和下调NAT10的Hela细胞进行acRIP-seq和mRNA测序,发现ac4C 的peak主要富集在mRNA的CDS区,同时下调NAT10能够降低ac4C在mRNA中的定点表达,并与靶mRNA的下调有很大关系;作者又进一步发现ac4C乙酰化修饰能够通过延长mRNA的半衰期并促进mRNA的稳定性,同时也能够通过ac4C peak中的密码子偏好性表达,决定并影响mRNA的解码效率,促进底物翻译。这些发现不仅扩大了mRNA修饰范围(包括乙酰化残基),也确立了ac4C在mRNA翻译调控中的作用。

m7G RNA甲基化是在甲基化转移酶的作用下,使RNA鸟嘌呤(G)的第七位N上加上甲基的一种修饰( N7-methylguanosine,m7G)。研究表明,m7G RNA甲基化修饰存在于各类分子中,包括:mRNA 5’帽子结构、mRNA内部、pri-miRNA、转运RNA(tRNA)和核糖体RNA(rRNA)。m7G RNA甲基化修饰能够调节mRNA的转录、miRNA的生物合成和生物学功能、tRNA稳定性、18S rRNA的核内加工及成熟。m7G RNA甲基化修饰作为一类新型RNA甲基化,近两年高影响因子文章不断,是继m6A修饰之后的又一表观转录组学热点。在全转录范围内及tRNA水平查看基因m5C甲基化修饰水平。

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样本要求 1)样品类型:细胞、新鲜组织或RNA 样品。 2)样品量: 细胞:2×107 组织:500 mg-1 g RNA:30 - 300 μg,浓度不低于100 ng/μL 3)RNA 质量要求: OD260/280:1.8~2.1 浓度≥ 100 ng/μl RNA 无明显降解(28S:18S ≥ 1.5 或者RIN ≥ 7) 4)样品保存: 新鲜组织可用RNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存。 细胞样品,离心收集细胞沉淀后用PBS洗2遍,直接-80℃保存;RNA 样品可溶于乙醇或RNA-free 的超纯水中,-80℃保存。样品保存 Note:样品保存期间避免反复冻融。 5)样品运输:样品置于1.5 ml Eppendorf管或冻存管中,封口膜封好,装在塑料袋中,干冰运输。RNA去甲基化可以提高水稻和马铃薯植株的产量和生物量。广东甲基化差异

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