在m1A领域，云序生物是国内一家有文献发表的测序服务平台。2020年8月，云序客户在Plant physiology发表了矮牵牛m1A甲基化修饰文章，其中的m1A测序和相关数据分析均由云序提供。这个新领域的研究进展如何？有哪些新型的方法思路值得我们借鉴呢？小编汇集了近期多篇m1A修饰文章，带大家把握这一领域的前沿进展。1.m1A——矮牵牛...

为了探究m6A保守序列在不同组织之间和发育阶段之间的差异，RRACH保守序列被细分为4种子序列。对比胎儿和成年人的组织，发现心脏、肾和肺组织中m6A保守序列比例发生变化，而肝和肌肉在成年前后m6A保守序列比例相对不变。对比不同组织中的保守序列发现，AAACH和GGACH两种保守序列的比例在组织间差异较大，且同时含有这两种序列的m6A峰的数...

这一分布规律与m6A（真核细胞mRNA中广fan的甲基化修饰）截然不同，后者主要集中在mRNA的靠后一个外显子上，并且对mRNA的翻译、定位、稳定性等多个过程进行调控。该研究进一步鉴定了m1A修饰的一个去甲基化酶ALKBH3，并发现了转录组中ALKBH3的近千个作用位点。因此，该研究不但揭示了m1A的广fan存在、绘制了转录组中m1ARN...

为了研究人细胞转录组中的m1A修饰，伊成器课题组首先利用高分辨质谱对mRNA中的m1A修饰进行定量，发现其guang泛存在于各种细胞系中。该研究继而通过化学生物学、高通量测序等手段，发展了“m1A-ID-seq” 一种结合抗体富集和特异性酶促反应的m1A RNA甲基化测序新技术。利用这一技术，该研究成功实现了人细胞系全转录组水平的高分辨率...

早在十九世纪后期，科学家就通过显微镜观察到了蛋白质与 DNA 直接的相互作用，从那以后，他们开始深入探索蛋白质结合并控制 DNA 的作用机制。为了研究 DPI，科学家发明了很多方法：凝胶阻滞、DNaseI 足迹实验、甲基化干扰、体内足迹、酵母单杂、ChIP-Seq 等。其中 ChIP-Seq 因其能真实、完整地反映结合在 DNA 序列上...

可以说，ctDNA的应用已经渗透到tumsor全程管理的各个环节。早期筛查：与甲基化检测结合，或能较早检出tumsor的发生；技术不断成熟，有望使其成为tumsor早筛的新方法。分子诊断：用于组织学检测的替代或有效补充，检测已知的驱动基因，如肺cancerEGFR、ALK突变等，指导医治。残余病灶检测：可基于ctDNA，进行术后分子残留病...

奥沙利铂耐药性是结直肠ai医治中的一大挑战，调节性T细胞（Treg）的免疫抑制作用可能在其中发挥作用。另外，外泌体中的miRNA可能作为预测化疗敏感性的潜在生物标志物。天津医科大学的巴一团队及应国光团队在Molecular Therapy上发表的一项较新研究，发现结直肠ai细胞通过外泌体分泌的miR-208b可抑制CD4+ T细胞中的PD...

2.环状RNA定量PCR及RNaseR耐受实验，验证环状RNA的表达和结构为了验证测序结果的准确性，研究人员随机选取了8条差异表达的环状RNA，利用“divergentprimers”进行环状RNA定量PCR检测和RNaseR耐受性实验。所有环状RNA的表达都能够被定量PCR实验检测到，并且定量PCR结果与测序结果趋势一致，表明环状RNA...

云序生物是国内best早提供 eccDNA 测序服务的公司，云序在2018年已就启动了组织细胞 eccDNA 测序服务的开发，随后又在国内first发血清血浆环状 DNA 测序服务。迄今为止，我们已经完成上千例样品的 eccDNA 测序，积累了丰富的项目经验，样品类型涵盖：组织﹑细胞﹑血清﹑血浆﹑尿液等，物种涵盖：人﹑小鼠﹑大鼠﹑拟南芥﹑...

目前已经报道的基于高通量测序方法研究eccDNA的报道都是基于Paul S. Mischel团队开发的AmpliconArchitect软件，基于二代全基因组测序数据（5-10X覆盖深度），该软件可自动比对基因组，寻找断点信息，并结合SV和CNV的分析结果生成eccDNA的分析结果。不过需要注意的是，目前该软件的license是收费的。不...

案例2: m5C RNA甲基化基因组分布图谱 原文：Distinct 5-methylcytosine profiles in poly(A) RNA from mouse embryonic stem cells and brain 期刊：Genome Biology 影响因子：13.21 近期刊登了解析RNA m5C在不同组织...

另外，MSC来源的外泌体还可以有效地促进骨折的愈合、保护修复肾损伤，心肌衰弱、及后肢局部缺血的医治，以及调节促进肌肉的再生等。动物实验中，应用MSC外泌体对于卵巢细胞衰老的医治中，起到了明显的效果。更有体外细胞实验验证，人脐带间充质干细胞分泌的外泌体能够有效抑制顺铂诱导的大鼠卵巢颗粒细胞的凋亡，提高细胞的生存率。 与传统的干细胞疗法不同，...